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明朝初年曾是归德侯府和汉王府。清朝为江宁织造署、江南总督署、两江总督署。清朝康熙、乾隆皇帝下江南时均以此为“行宫”。1911年10月辛亥革命爆发后，2025-08-05，孙中山在此处宣誓就任中华民国临时大总统，并组建了中国历史上第一个共和制的国家政权 ── 中华民国临时政府。2025-08-05，人民解放军解放南京，攻占总统府。从此，揭开了中国历史新的一页。

南京解放后的近50年中，总统府一直作为机关的办公场所。自20世纪80年代以来，机关单位陆续搬迁，并于1998年在总统府旧址之上，开始筹建南京中国近代史博物馆。经过精心的规划和五年的建设，至2003年已初具规模。目前，博物馆总占地面积为9万平方米，共分三个参观区域。中区（中轴线）主要是国民政府、总统府及所属机构；西区是孙中山的临时大总统办公室、秘书处和西花园，以及参谋本部等；东区主要是行政院旧址、马厩和东花园。一系列展馆和史料陈列，则分布在这三个区域中。

明朝初年为汉王府花园，以汉王朱高煦名中的“煦”字而得名。清朝为两江总督署花园。太平天国建天朝宫殿时予以扩建。因花园位于宫殿西侧，又称“西花园”，与东花园相对称。清军破城时被毁，曾国藩予以重建。1912年1月，中华民国临时政府成立，孙中山的临时大总统办公室和起居室就在煦园内。以后，又先后作为南京留守府、江苏都督府、督军署等机构的办公处。1927年4月国民政府成立后，国民革命军总司令部、军委会，以及总统府军务局等机构，都曾在园内设有办公处。煦园为典型的江南园林，与总统府连为一体。有诸多著名的遗址景点，如石舫、夕佳楼、忘飞阁、漪澜阁、印心石屋等。

总统府建筑于民国元年六月一日开工兴建，至民国八年三月竣工，整栋建筑物是以正大门入口小楼为基础，一层一层紧密相连，结构严谨，造型对称，设计精细。总统府内随处可见高耸的圆柱，雅致的雕饰，深邃的回廊，精巧的拱门，充分表现欧洲文艺复兴时期巴洛克式之建筑特色。第二次世界大战末期，曾遭受轰炸，严重毁损，民国三十四年台湾光复后，于次年重修完成，当时为庆祝蒋公六秩华诞，改称介寿馆，民国三十八年中央政府播迁来台后，便以此馆作为总统府，沿用迄今。

“子超楼”是总统府的主要建筑，位于总统府中轴线北端。这幢办公大楼是在国民政府主席林森任上所建。林森字子超，且任国民政府主席时间最长，所以人们习惯称之为“子超楼”。该楼于1934年开工，至1935年12月竣工。“子超楼”主体五层，局部六层。第一层，先为国民政府文官处，后成为总统府文书局的办公室。第二层是总统、副总统办公室。朝南的这间是蒋介石的办公室，朝北的这间是副总统李宗仁的办公室。第三层是国民政府会议室。

20世纪初期，南京的一些建筑受西方折衷主义建筑思潮影响，都争相效仿西方建筑形式，并以此为荣。这幢黄色西洋式平房是典型的仿意大利文艺复兴式样，始建于清量将在大端方任上，竣工于末任总督张人骏。因位置在总督署的西面，故又称西花厅。整幢建筑坐北朝南，七开间。1912年1月以后成为中华民国临时大总统办公室。